Ekspozycja główna Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego powstaje w pierścieniu okalającym kopułę Świątyni Opatrzności Bożej. Znajduje się ona na wysokości 26 metrów (ósmego piętra) i zajmuje około 2000 metrów kwadratowych powierzchni.

Wystawa opowiada historię dwóch patronów Muzeum – Jana Pawła II i prymasa Stefana Wyszyńskiego – na tle stulecia, w którym żyli. Jej ramy chronologiczne obejmują okres od 1901 roku (rok urodzin Stefana Wyszyńskiego) do 2005 roku (śmierć Jana Pawła II).

Ekspozycja ukazuje wpływ obu bohaterów Muzeum na losy Kościoła i Polski, ich wkład w zachowanie wiary i tożsamości narodowej, kulturowej Polaków oraz obalenie komunizmu.

Wystawa podzielona jest na kilka stref. Pierwsza ukazuje plac Zwycięstwa w Warszawie 2 czerwca 1979 roku, w chwili, gdy podczas pierwszej papieskiej Mszy św. na ziemi polskiej wokół Jana Pawła II zawiązała się wspólnota Polaków. To doświadczenie wyzwoliło odwagę i przywróciło nadzieję na odzyskanie wolności.