Миссия музея определяется положениями официального документа, который является уставом Музея Войска Польского - головного учреждения "Катынского музея". Целью музея является сохранение собранных национальных культурных артефактов, связанных с историей польской армии, их надлежащее содержание и предоставление в научных, дидактических и образовательных целях, чтобы они служили науке и популяризировали знания о польской военной истории.

Катынский музей относится к уникальному типу музеев - историко-мартирологических, т.е. тех, задача которых - представить Катынскую резню с помощью "конкретных" материальных реликвий [музеев-реликвий, извлеченных из могильных ям - в Катыни, Харькове и Медном] и многочисленных документов - в постоянной экспозиции музея. Как единственный среди национальных музеев, через свою постоянную экспозицию в просветительской работе он пытается реализовать программу, дополняющую историческое образование общества, особенно молодого поколения, и формировать патриотические взгляды - отображая все аспекты, касающиеся судьбы поляков на Востоке после 17 сентября 1939 года.