Misja muzeum określona jest przez zapisy w oficjalnym dokumencie jakim jest statut Muzeum WP – macierzystej instytucji “Muzeum Katyńskiego”. Celem Muzeum jest zachowanie gromadzonych zabytków kultury narodowej, związanych z dziejami oręża polskiego, należyte ich utrzymanie oraz udostępnienie do celów naukowych, dydaktycznych i wychowawczych, tak aby służyły nauce oraz popularyzacji wiedzy o polskiej historii wojskowej.

Muzeum Katyńskie należy do wyjątkowego typu muzeów – historyczno-martyrologicznego, czyli takich których zadaniem jest przedstawienie Zbrodni Katyńskiej za pomocą “specyficznych” zabytków rzeczowych [muzealiów-relikwii wydobytych z dołów śmierci – w Katyniu, Charkowie i Miednoje] i licznych dokumentów – w ekspozycji stałej Muzeum. Jako jedyne wśród muzeów krajowych, poprzez wystawę stałą w pracy oświatowej stara się realizować program dopełniający edukację historyczną społeczeństwa, w tym szczególnie młodego pokolenia i kształtować postawy patriotyczne – obrazując wszelkie aspekty dotyczące losów Polaków na Wschodzie po 17 września 1939 r.