Die Hauptausstellung des Museums von Johannes Paul II. und Primas Wyszyński wird in dem Ring um die Kuppel des Tempels der Göttlichen Vorsehung errichtet. Sie befindet sich in einer Höhe von 26 Metern (achter Stock) und nimmt eine Fläche von etwa 2 000 Quadratmetern ein.

Die Ausstellung erzählt die Geschichte der beiden Stifter des Museums - Johannes Paul II. und Primas Stefan Wyszyński - vor dem Hintergrund des Jahrhunderts, in dem sie lebten. Ihr chronologischer Rahmen umfasst den Zeitraum von 1901 (dem Geburtsjahr von Stefan Wyszyński) bis 2005 (dem Tod von Johannes Paul II.).

Die Ausstellung zeigt den Einfluss der beiden Helden des Museums auf das Schicksal der Kirche und Polens, ihren Beitrag zur Bewahrung des Glaubens und der nationalen und kulturellen Identität der Polen sowie die Überwindung des Kommunismus.

Die Ausstellung ist in mehrere Bereiche unterteilt. Die erste zeigt den Platz des Sieges in Warschau am 2. Juni 1979, dem Moment, als sich während der ersten Papstmesse auf polnischem Boden eine Gemeinschaft von Polen um Johannes Paul II. bildete. Dieses Erlebnis hat Mut gemacht und die Hoffnung auf die Wiedererlangung der Freiheit wiederhergestellt.