Der Auftrag des Museums wird durch die Bestimmungen des offiziellen Dokuments, dem Statut des Museums der Polnischen Armee - der Mutterinstitution des "Katyn-Museums" - definiert. Das Ziel des Museums ist es, die gesammelten nationalen Kulturgüter, die mit der Geschichte des polnischen Militärs zusammenhängen, zu bewahren, sie ordnungsgemäß zu pflegen und sie für wissenschaftliche, didaktische und pädagogische Zwecke zur Verfügung zu stellen, damit sie der Wissenschaft dienen und das Wissen über die polnische Militärgeschichte popularisieren.

Das Katyn-Museum gehört zu einem einzigartigen Typus von Museen - historischen und martyrologischen, d.h. solchen, deren Aufgabe es ist, das Massaker von Katyn anhand von "spezifischen" materiellen Relikten [museale Relikte, die aus den Todesgruben - in Katyn, Charkiw und Mednoje - ausgegraben wurden] und zahlreichen Dokumenten - in der Dauerausstellung des Museums darzustellen. Als einziges unter den nationalen Museen versucht es durch seine Dauerausstellung in der Bildungsarbeit ein Programm zu realisieren, das die historische Bildung der Gesellschaft, insbesondere der jungen Generation, ergänzt und patriotische Haltungen prägt, indem es alle Aspekte des Schicksals der Polen im Osten nach dem 17. September 1939 darstellt.